Hermite-FEP

准确、高效、自动的结合自由能计算平台

概述

自由能微扰计算(FEP)是指通过设计一条描述两种构型之间转换的微扰路径、并结合分子动力学模拟进行充分采样,用来种精准评估受体与配体的结合强度的计算方法。

Hermite-FEP是深势科技自主研发的软件平台,结合增强采样算法和高性能计算加速自由能计算过程,能够提供具有高可信度的药物候选名单,加速药物研发流程

流程

01

设计微扰路径

根据配体间相似程度设计和优化微扰路径

蛋白配体准备

实现从对接蛋白配体、计算力场参数到分配电荷、弛豫与平衡体系体系的全自动工作流,提供端对端接口,极小化用户工作量

02

分子动力学模拟

利用GPU加速数十倍,内置的调度系统可智能提交任务、监控任务状态和回收结果,适配个人工作站、超算平台和云服务等多场景的计算资源。

增强采样算法

应用增强采样算法(REST2等)跨越能级壁垒加速采样、提高结果收敛性与精度。

03

自由能结果计算

利用严谨的统计方法计算出自由能结果,对多个配体与受体的结合能力给出排序,交付药物设计下一阶段

可视化误差分析

提供可视化误差分析工具帮助判别当前结果可靠程度